Il CGT ha una struttura che mira alla qualità, all'efficienza e all'autonomia economica e gestionale. Attraverso la stretta collaborazione  con la realtà economica e produttiva e gli enti per la gestione del territorio, garantisce il completo autofinanziamento di tutte le attività di ricerca e di formazione del Centro.

La struttura del CGT è certificata secondo la normativa UNI EN ISO 9001:2000 dalla compagnia SQS - Associazione Svizzera per Sistemi di Qualità e di Management ed è organizzata su quattro livelli:

• Programmazione
• Direzione
• Gestione
• Attività

Livello Programmazione:

• Comitato di Indirizzo: è l'organo consultivo e di proposta del Presidente per la politica culturale e scientifica del CGT

Livello Direzione:

• Consiglio Direttivo, svolge funzioni di coordinamento e verifica dell'attività del CGT
• Presidenza, rappresenta il CGT ed è responsabile del funzionamento complessivo e dell’organizzazione del Centro
• Direzione amministrativa, è responsabile della gestione amministrativo-contabile del Centro

Livello Gestione:

• Segreteria, svolge le attività di segreteria della Presidenza, coordina l'Ufficio Stampa & Marketing e i Servizi Interni
• Centro di Documentazione, coordina gli Archivi on Line, la Biblioteca "Giovanni Flores" e Archivio del CGT
• Centro di Calcolo, cura la rete dati, la manutenzione dell’HD e del SW, coordina il CGTONLINE
• Industrial Liaison Office, sviluppa i rapporti con il tessuto produttivo, professionale e imprenditoriale, cura il trasferimento tecnologico alle imprese e promuove le società spin-off

Livello Attività:

• Formazione che comprende :
  • Formazione Istituzionale Universitaria svolta nell’ambito della programmazione dell’Università di Siena
  • Formazione Professionale Superiore svolta dal CGT anche come agenzia formativa della Regione Toscana
  • Formazione Professionale Continua organizzata al CGT della Fondazione Masaccio tramite la S.I.A.P.A.T.
• Ricerca e Consulenza scientifica che comprendono tutte e attività svolte dai Laboratori CGT